Localizada nas dependências do paço municipal, dispõe de área administrativa e almoxarifado central.
A estrutura física do almoxarifado segue o preconizado nas legislações para acondicionamento de medicamentos tais como climatização, acondicionamento sobre pallets, distâncias medicamento-parede-solo entre outros itens.
Todo o processo é informatizado desde da solicitação de compra até a entrega nas mãos dos usuários.